Et après pas mal de recherches, c'est finalement sur le site d'Apple que je trouve la solution. Pour certaines machines récentes, avec des fréquences d'échantillonnage des sons de plus de 48Khz, il peut y avoir des problèmes de sons avec certaines applications.

La solution, pas évidente du tout, consiste à aller dans l'utilitaire “Configuration audio et MIDI” qui se trouve dans /Applications/Utilitaires et de changer le format de la sortie audio en 44100,0 Hz après avoir choisi “propriétés de  Audio intégré”.

L'article d'origine sur le site d'Apple.